別々の金融機関で利益と損失が出ても、口座間で自動的に税が調整されるわけではありません。対象となる上場株式等の譲渡損失は、申告などの条件を満たせば通算や3年間の繰越控除を使えます。NISAの損失と含み損は対象外です。